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InGex TGIRTKit25 說明書

　更新時間：2017-08-11　點擊量：1437

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InGex.com是Ingex有限責任公司的所在地，也是TGIRT™-III獨立酶和TGIRT™模板切換RNA-seq試劑盒的*授權銷售商。

 

TGIRT™ Template-Switching RNA-seq Kit (TGIRTKit25)

 

試劑盒內(nei) 容：

  • 該試劑盒包括該TGIRT ® -III酶預混合與(yu) 用於(yu) 模板切換，二硫蘇糖醇（DTT），修飾的RNA / 異源雙鏈寡核苷酸和反應緩衝(chong) 液進行TGIRT ®對於(yu) Illumina的RNA-SEQ分析模板交換反應。7,8該試劑盒可以使用無縫連接到c 5'末端的RNA-seq轉錄子合成RNA模板的c拷貝。對於(yu) RNA-seq文庫構建，在PCR擴增前，必須使用耐熱的5'App / RNA連接酶（New England BioLabs; M0319S或M0319L）將c第二個(ge) RNA-seq 接頭（另購）連接到c的3'末端。

酶性質和新型活性：

  • 比逆轉錄病毒逆轉錄酶更高的熱穩定性，持續性和保真度，允許從(cong) 高度結構化或嚴(yan) 格修飾的RNA進行全長的端到端c合成。14,5,6,7,8

  • 新的端對端模板切換活動，其能夠在逆轉錄過程中連接RNA-seq或PCR適配器，並且不再需要單獨的RNA 3' - 銜接子連接步驟。1這種模板切換活動大大促進了鏈特異性RNA-seq文庫的構建，其偏倚偏差小於(yu) 使用隨機六聚體(ti) 引物的方法，或者使用RNA連接酶進行銜接連接。1,4,7,8

酶的建議用途：

  1. 綜合股特異性轉錄組分析。
  2. 全細胞，外來體，血漿和其他無細胞RNA的RNA-seq 。
  3. miRNA和其他小型非編碼RNA的分析。
  4. RIP-seq，HITS-CLIP，CRAC，​​核糖體分析。

工具包的優(you) 點：

  1. 綜合轉錄組分析比傳(chuan) 統方法更少的偏差。

    根據zui近的出版物，核糖核酸裂解的片段化通用人參考RNA樣品的TGIRT-seq概括了與(yu) 非鏈特異性TruSeq v2相比較的人轉錄本和尖峰的相對豐(feng) 度，優(you) 於(yu) 鏈特異性Tru-Seq v3。TGIRT®-seq比TruSeq v3顯著更強的鏈特異性，並消除TruSeq固有的隨機六聚體(ti) 啟動的取樣偏差。TGIRT®-seq顯示更均勻的5'至3'基因覆蓋，並識別比TruSeq更多的剪接點。TGIRT®-seq可以在與(yu) 結構化小ncRNA（包括tRNA）相同的RNA序列中同時進行mRNA和mRNA的分析，這些tRNA基本上不存在於(yu) TruSeq數據集中。8

  2. 全細胞，外來體(ti) ，血漿和其他細胞外RNA的RNA-seq。

    快速處理時間（通過PCR步驟對RNA-seq文庫構建<5小時）; 需要少量RNA（低ng範圍）; 全麵的轉錄譜，包括mRNA和lncRNA以及小ncRNA，包括tRNAs，pre-miRNAs和其他結構化小ncRNA的全長讀數; 較常規方法較少的偏差和較大的鏈特異性。7,8

  3. 比逆轉錄病毒RT更高的持續性和鏈置換活性。

    使得可以獲得tRNA和其他結構化的小ncRNA的全長的端到端c，這些c對於(yu) 逆轉錄病毒RT是難治的。4-7

  4. 通過TGIRT®模板切換的RNA-seq文庫構建，如miRNA分析，RIP-seq，HITS-CLIP，CRAC，​​核糖體(ti) 分析等方法。

    快速處理時間（通過PCR步驟對RNA-seq文庫構建<5小時）; 需要少量RNA（低ng範圍）; 不需要RNA連接酶，通過在該過程中具有較少的步驟，偏倚較小並且更有效。

參考文獻：

  1. Mohr，S.，Ghanem，E.，Smith，W.，Sheeter，D.，Qin，Y.，King，O.，Polioudakis，D.，Iyer，VR，Hunicke-Smith，S.Swamy， Kuersten，S.and Lambowitz，AM Thermostable group II intron reverse transcriptase fusion proteins and their use in c synthesis and next generation RNA sequencing。RNA 19，958-970，2013。
  2. Collins，K。和Nilsen，T. Enzyme engineering through evolution：熱穩定重組II內含子逆轉錄酶為RNA研究和生物技術提供了新的工具。RNA 19,1017-1018,2013。
  3. Enyeart，PJ，Mohr，G.，Ellington，AD和Lambowitz AM移動組II內含子及其逆轉錄酶的生物技術應用：基因靶向，RNA-seq和非編碼RNA分析。 5：2，2014。
  4. Katibah，GE，Qin，Y.，Sidote，DJ，Yao，J.，Lambowitz，AM和Collins，K.Ban and adaptability RNA structure recognition by the human interferon-induced tetratricopeptide repeat protein IFIT5。PROC。國家科。科學院。科學。，USA，  111，12025-12030，2014。  
  5. Shen，PS，Park，J.，Qin，Y.，Li，X.，Parsawar，K.，Larson，MH，Cox，J.，Chen，Y.，Lambowitz，AM，Weissman，JS，Brandman，O. ，和Frost，A.Rqc2p和60S核糖體亞基介導新生鏈的mRNA非依賴性伸長。科學347，75-78，2015年。
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  7. Qin，Y。，Yao，J。，Wu，D。，Nottingham，R.，Mohr，S，Hunicke-Smith，S.，Lambowitz，AM，High-throughput sequencing of human plasma RNA by using thermostable group II intron reverse酶。RNA 22，111-128，2016。
  8. Nottingham，RM，Wu，DC，Qin，Y.，Yao，J.，Hunicke-Smith，S.，and Lambowitz，AM RNA-seq of human reference RNA samples using a thermostable group II intron reverse transcriptase。RNA，22,597-613，2016。

 

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